Полученные на АСМ изображения часто имеют общий наклон или общую выпуклость. Такие искажения могут появляться по разным причинам. Как правило они связаны с температурным дрейфом и нелинейностью пьезокерамического манипулятора. Этот макроскопический рельеф обычно мешает выявлению структуры объекта.

Чтобы избавиться от него, из исходной матрицы значений вычитают поверхность первого или второго порядка (плоскость, параболу или гиперболу). Выравнивание осуществляется по команде Выравнивание в меню Математика или нажатием на кнопку

При выполнении этой команды появляется окно параметров, в котором можно указать тип вычитаемой поверхности: Линейная - для вычитания общего наклона (плоскости) или Параболическая - для вычитания поверхности второго порядка:

Если исходный файл содержит несколько изображений, то обрабатывать их можно одинаковым образом, вычитая одну и ту же поверхность, или независимо друг от друга. Способ обработки определяется параметром Обработка под-изображений:

1. Раздельно - для каждого содержащегося в файле изображения высчитывается средняя поверхность, определенная методом наименьших квадратов для конкретного изображения;
2. По активному - поверхность рассчитывается для активного изображения, а вычитается из всех;
3. По всем - рассчитываются средние поверхности по всем подызображениям и усредняются.

Если напротив поля Удалять постоянную составляющую стоит галочка, то общее смещение всей поверхности относительно нуля удаляется.

Необходимо помнить, что если перед тем, как вызвать команду Выравнивание, Вы выделите небольшой фрагмент изображения, то при вычислении уравнения поверхности будут использоваться только значения точек, попавших в выделение. При этом, построенная поверхность будет вычтена из всего изображения.

Аналогичным образом можно вычесть поверхность, построенную по МНК по нескольким точкам, отмеченным метками на изображении.