Для удобства конечного пользователя программный продукт «ФемтоСкан» снабжен GUI интерфейсом.

Вверху расположено главное меню. Если нет открытых изображений, то оно состоит из 6 частей: меню Файл, СЗМ, Вид, Окна, Онлайн и Помощь, если открыто изображение, то, в зависимости от его типа, становятся доступны другие пункты меню. Ниже располагаются панели инструментов для работы с файлами:

• Стандартная
• СЗМ
• Операции
• Фильтры

В самом низу главного окна программы находится строка состояния. Во время работы программы в ней выводится разная полезная информация.