В программе ФемтоСкан данные изображения по осям X, Y и Z могут быть представлены пользователю в двух видах:

1. Относительные - в этом случае левый нижний угол изображения принят за начало системы координат XY, а высота отсчитывается от самой нижней точки изображения
2. Абсолютные - система координат привязана к данным от сканера микроскопа.