Программа ФемтоСкан позволяет работать с данными различного типа: например с графическими данными. Но в первую очередь, конечно же с данными, полученными с помощью сканирующего зондового микроскопа. Такими как:

• Топография поверхности
• Отклонение кантилевера
• Сдвиг фазы колебаний кантилевера
• Изменение амплитуды колебаний кантилевера

а также:

• Силовая кривая
• Силовая спектроскопия
• Силовое картирование

Помимо собственного формата данных программа ФемтоСкан поддерживает и множество других форматов файлов, полученных на других СЗМ.